农村环境保护与有机食品发展研究中心始建于1994年，前身为环境保护局有机食品发展中心，是中国有机食品事业发起者，是推动中国有机事业发展的主力军和核心力量，开创了中国有机食品事业发展的先河。随着生态环境保护工作发展的需要，中心研究领域不断拓展，目前已经形成了三个有特色的学科方向，分别为农村环境保护与面源污染控制、良好土壤保持与污染修复、有机食品发展，成立了中国第一个有机认证机构（原“环境保护局有机食品发展中心”，现在的“南京国环有机产品认证中心”）。

农村环境保护与有机食品发展研究中心是我国最早提出“将推动有机食品发展成为农村环境保护和农业面源污染防治的重要抓手”论点的研究团队，近年来通过水专项、环保公益项目、科技支撑、重点研发专项、自然基金项目等，开展了基于有机、生态农业的农业环境保护与面源污染控制的模式构建，环境效益综合评估，有机生产精准技术，有机农业水土耦合保护技术等领域的研究，从环境微生物和农业固体废弃物资源化的角度，研发环境友好型农田土壤重金属修复技术。创新开展了有机食品示范县和示范基地认定工作，引领和推动了区域有机食品的高质量发展。

南京国环有机产品认证中心先后获得中国、欧盟、加拿大、美国政府和国际有机农业运动联盟认可，颁发的证书已经成为全球有机产品贸易便利化的“通行证”，获证产品能够直接进入美国、欧盟、日本、加拿大及东南亚有机产品市场。2010年，南京国环首次进入欧洲开展有机认证，2016年在意大利博洛尼亚设立欧洲办事处，目前认证业务已覆盖五大洲。

多年来，中心全面围绕农业农村生态环境保护和认证认可工作需求，持续开展科学研究，承担了国家科技重大专项、国家重点研发计划、环保公益项目、国家青年基金等项目，为生态环境保护部门、国家认监委和地方政府提供政策和技术支撑，发挥了重要的支撑作用。2013年和2015年，中心专家赴欧洲、泰国参加国家认监委中欧、中泰政府间有机互认会谈。目前有1名人员担任国家认可委认证机构专门委员会委员，1名人员担任国家认可委农产品认证专门委员会委员，4名人员担任国家有机产品认证、良好农业规范认证、HACCP认证工作组专家。

中心与美国罗代尔研究所、瑞士FiBL等国内外有机农业和农村环境研究机构建立了广泛的联系合作。中心现有科研、认证人员85人，其中高级职称7人，高级检查员37人，已经形成了一支结构合理、素质优良的科研和认证团队。