生态环境部南京环境科学研究所自1978年建所以来，截止1999年底，共完成大中科研项目400余项，其中，国家政府部门下达项目100余项，国际合作、资助项目40余项。累计获得国家、省部级科技进步奖38项。联合国环境规划署全球环境500佳1项 。

2000年以后，随着环境保护事业的蓬勃发展，我所的科研项目及经费呈逐年增长趋势。“十五”期间，科研经费总计约1.34亿，全所承担各类创新研究项目近150项，课题涉及973、863、攻关、部门专项等，获得省部级科研成果奖4项。“十一五”期间，科研经费总计约7.2亿元，全所承担各类创新研究项目近300项，累计获得国家、省部级科研成果奖20项。 “十二五”期间，科研经费总计约15.6亿元，全所承担各类创新研究项目近450项，累计获得国家、省部级科研成果奖46项。“十三五”期间，科研经费总计约7.58亿元，全所承担各类创新研究项目近365项，累计获得国家、省部级科研成果奖40项.