中心现有办公区和实验区约1110平方米，其中办公室482平方米，实验室578平方米，温室50平方米，建有国家环境保护生物安全重点实验室和国家环境保护武夷山生态环境科学观测研究站。科研仪器设备600余台套，其中10万以上仪器数量70台套，包括普通化学分析、生态学、植物学、微生物学、分子生物学、土壤学、毒理学等方面的仪器设备。在福建、浙江、江西等3省8县拥有214处观测研究设施和1个基于物联网的科学观测研究平台，配备观测研究仪器设备133台套。在江苏、河南、山东、吉林、湖北、安徽、浙江以及海南等地建有转基因作物环境安全野外监测基地。