生态中心在内蒙古呼伦湖流域、科尔沁沙地、西藏山南地区、拉鲁湿地等建有生态系统观测场及试验站点，连续开展了水源涵养功能、土地沙化和水土流失、生态修复成效及生态资产增值、气候变化生态响应等方面的科研观测与试验。主要配备仪器包括便携式地物波谱仪、机载航拍高光谱成像仪、地面三维激光扫描仪、全自动太阳光度计、便携式光合作用仪、植物根系生长监测系统、植物生理生态监测系统、植物冠层分析仪、便携式土壤水分测定仪、土壤呼吸测量系统、水蚀测量系统、风蚀测量系统、便携式自动气象站、地面小气候观测系统等。配置了高精度遥感分类软件、Inpho摄影测量软件、MODIS卫星资料遥感业务系统等软件平台，以及磁盘阵列、图形工作站、数据服务器等。形成了一定的室内测试平台、外业调查条件和能力，为开展生态保护与修复研究、保障国家和区域生态安全提供了坚实的数据基础。