生态文明中心在安徽省黄山市建设有野外科研基地（拥有不动产权），作为中心的综合科研平台，建筑面积800多平方米，包括一幢二层建筑和两幢一层建筑。该基地主要开展生物质甲烷强化发酵、生物质高速腐殖化、多功能生物质炭基材料转化、可持续生态循环农业、区域绿色生态建设等技术和模式的研究示范。目前该基地拥有360m2分析实验室、80m2环境昆虫养殖室（黄粉虫、花金龟等）以及60亩科研试验田（含20亩虾稻共作标准试验田）。

其中，分析实验室包括样品存储、前处理、通用试验操作、微生物分析和精密仪器等单元，配备常规预处理设备、精密分析仪器和各类型试验装置。预处理设备包括高速离心机、超低温冰箱、全自动消解仪、惰性气体马弗炉、冷冻干燥器、摇床等；精密分析仪器包括TOC分析仪、流动分析仪、三维荧光扫描光谱仪、Zeta电位粒度分析仪、便携式沼气分析仪、植物根系分析系统、稳定性同位素质谱仪、纤维素测定仪、多参数水质仪等；微生物分析仪器包括生物显微镜、实时荧光定量PCR仪、快速免疫电泳成像等。此外，实验室还配备有超声纳米材料合成、生物炭制备、厌氧消化、好氧堆肥等多套试验装置。