设中心主任1名，由所级领导兼任；副主任2名，分别由科技处和工程中心负责人兼任；中心下设综合部和水环境污染事故应急部、固废（化学品）污染事故应急部和损害鉴定评估与技术咨询三个技术部。综合部设主任1名，由工程中心负责人兼任。各技术研究部设主任1名，由相关领域具有高级技术职称的专家担任。