以获得安全证书的转基因作物为主要对象，系统开展其自然生态风险的研究和监测，明确其大规模生产和应用后对生物多样性和重要生态功能的长期环境效应，阐明转基因作物在自然生态系统中的长期演化规律，构建转基因生物自然生态风险监测的技术体系和网络平台；开展抗虫玉米、抗除草剂大豆、转人乳清白蛋白基因奶牛等新品系的自然生态风险评价和监测，形成系统的转基因生物自然生态风险监测和控制技术、方法和标准；研究转基因产品加工、应用过程中废弃物的外源基因及其蛋白质的降解规律，建立相应的检测、控制技术和排放标准；明确抗虫、耐除草剂转基因作物的温室气体减排效益。