围绕我国农业面源污染治理的重大需求，以提高农田典型生物污染综合防控技术水平为目标，针对农田人类致病菌、植物病原菌和产毒素菌等不同生物污染特征和发生机制，以控制病原菌污染来源-阻断病原菌传播过程-消减病原菌环境宿存为防控思路，建立病原生物环境监测评估技术，建立农用污水、污泥和畜禽粪便中病原菌灭活处置组合关键技术；从病原物控制的过程管理出发，建立病原物传播媒介的绿色防控技术；研发出针对病原物的高效拮抗菌剂，建立物理灭活配套技术，强化拮抗菌剂的效能，控制病原物数量。针对典型产毒素病原菌发生和危害途径，筛选典型病原菌拮抗型生物菌剂，研发物理化学强化污染治理技术和产品，建立农田病原菌毒素污染的复合绿色防控技术，减低农田生物污染，农产品符合国家食品安全标准。